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通过IMGT数据库认知免疫组库
免疫组库测序(Immune Repertoire Sequencing,IR-Seq)是非常小众的产品,并不属于TCGA的7种数据(WGS,WES,RNA-seq,miRNA,450K等等),所以我并没有在B站录制公益教学视频。
关于IMGT数据库
关于免疫球蛋白(IG)或抗体和T细胞受体(TR)
关于 可变区(V区)和恒定区(C区)
可变区(V区)
恒定区(C区)
在IMGT数据库的V,D,J和C基因记录情况
V,D,J基因的组成
clan I: IGHV1, IGHV5 and IGHV7 subgroup genes clan II: IGHV2, IGHV4 and IGHV6 subgroup genes clan III: IGHV3 subgroup genes
AB019437 (200000 bp): IGHV(III)-82 to IGHV(II)-60-1 AB019438 (200000 bp): IGHV3-60 to IGHV4(II)-40-1 AB019439 (200000 bp): IGHV7-40 to IGHV3-21 AB019440 (200000 bp): IGHV(II)-20-1 to IGHV2-5 AB019441 (157090 bp): IGHV4-4 to IGHV6-1
具体查看单个基因
直接下载全部IG或者TR的V,D,J,C基因序列
免疫组库测什么
测序数据评估与过滤; 不同种类V,D/J基因的数目、频率统计; 不同种类V-J组合(气泡图)和V-D-J组合(桑基图)的数目、频率统计; V基因、J基因、V-J组合、V-D-J组合的组间差异比较;(火山图) CDR3氨基酸克隆型的数目、频率、长度统计; 基于CDR3氨基酸克隆型频率的样本间相似性评估; CDR3氨基酸克隆型的多样性分析,包括Gini、Simpson、Shannon、d50; CDR3氨基酸克隆型差异表达分析; 样本间共有CDR3氨基酸克隆分析;
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